* 7. 4. 1206 in Kelheim
† 29. 11. 1253 in Landshut

Als Pfalzgraf bei Rhein residierte Otto seit 1228 in Heidelberg. Nach der Ermordung seines Vaters übernahm er zusätzlich das Herzogtum Bayern. Auch er mußte sich mehrfach gegen die geistlichen Nachbarn durchsetzen, die sich zu weltlichen Herrschern aufschwingen wollten; zu seinen Lebzeiten kam es noch nicht zu einer Versöhnung mit der Kirche. Vergeblich versuchte er, die ehemals bayerische Ostmark, das Kernstück des heutigen Österreich, von den Babenberger zurückzuerhalten. In Bayern gewann er durch die Eroberung von Wolfratshausen (1243) und Starnberg (1246) wichtige Positionen von den Grafen von Andechs-Meranien. Nach dem 1242 erfolgten Tod seines Stiefbruders, des letzten Grafen von Bogen, übernahm die Familie nicht nur dessen Besitz, sondern auch aus seinem Wappen die weiß-blauen Rauten, "bayerische Wecken" genannt.

Otto II. führte als neue Funktionen Viztume ein, die ihn in wichtigen Angelegenheiten vor Ort vertraten (daraus gingen die heutigen Regierungsbezirke hervor). Außerdem schuf er erbliche Hofämter und stützte sich bei der Verwaltung des Landes auf eine aus dem Kreis der Ministeriale neu emporkommende, von ihm abhängige Adelsschicht. Der Ausbau des Landesfürstentums macht damit entscheidende Fortschritte.